Xサーバーへのウイルス感染による対策案を相談したいです。

Xサーバーアカウントにおいて
不審なファイルの設置を確認いており、
ご利用のプログラムにセキュリティ上致命的なバグ（脆弱性）が存在し、第三者に悪用されてしまった可能性が非常に高い状況です。現在3サイトが閲覧できない状況（海外サイトにリダイレクトされる）になっており、緊急措置として設置されていた不正プログラムファイルについて、パーミッションを「000」へ変更し、機能を無効化にXサーバー側で行っていただきました。しかしながら不正ファイルを削除しようと思っても削除できず（パーミッション変更は既に試した。）フォルダごと代行削除をXサーバーより提案されてもののどれがサイトに直結して消したらダメなものなのか判別が付きません。（バックアップが取れていないサイトもありむやみに消せない。）このよう場合の対処法を教えていただきたいです。